Une alimentation ancestrale au goût du jour

Bien avant l’invention du réfrigérateur, les sociétés humaines avaient développé différentes techniques pour conserver les aliments. Longtemps utilisées pour préserver les récoltes et diversifier l’alimentation, certaines de ces techniques connaissent aujourd’hui un regain d’intérêt. Cet intérêt s’accompagne de recherches scientifiques sur les liens entre alimentation, microbiote intestinal et santé.

Il y a 10 000 ans, les premières civilisations maîtrisaient déjà les techniques de fermentation pour conserver leurs aliments. Elle est utilisée depuis des millénaires pour conserver et transformer les aliments. Elle est à l’origine de nombreuses préparations : pain, boissons fermentées, légumes lactofermentés ou produits laitiers fermentés. D’autres méthodes, comme le séchage, le salage ou le fumage, complétaient ces savoir-faire.

Depuis plusieurs années, le microbiote intestinal est au cœur de nombreuses recherches scientifiques. Composé de 100 000 milliards de microorganismes : https://www.inserm.fr/dossier/microbiote-intestinal-flore-intestinale/ il participe à la digestion, à la transformation des fibres alimentaires, au fonctionnement du système immunitaire et au maintien de l’équilibre intestinal.

Les chercheurs s’intéressent aujourd’hui à une question essentielle : la transformation de notre alimentation et de notre mode de vie contribue-t-elle à appauvrir la diversité de notre microbiote, et quelles conséquences cela peut-il avoir sur notre santé ?

L’évolution de notre alimentation et de nos modes de vie peut modifier notre microbiote intestinal. Une alimentation peu diversifiée offre notamment moins de ressources aux microorganismes qui utilisent les fibres végétales. Retrouver une plus grande variété de végétaux constitue donc une piste concrète pour prendre soin de cet écosystème.

Une étude publiée le 7 octobre 2026 dans la revue Nature apporte un nouvel éclairage à cette question. En comparant le microbiote des Tsimane de Bolivie et des Hadza de Tanzanie, les chercheurs ont identifié

1 231 espèces microbiennes communes à ces deux populations. Beaucoup sont rares ou absentes des populations industrialisées. Ces résultats suggèrent que certains microorganismes associés à l’histoire évolutive de l’être humain se sont raréfiés avec les transformations de nos modes de vie. Les conséquences exactes de cette disparition sur la santé restent cependant à établir : https://www.nature.com/articles/s41586-026-11106-1

Dans une autre étude, publiée en 2021, des chercheurs ont reconstitué des génomes microbiens à partir de huit échantillons de matières fécales anciennes, datés d’environ 1 000 à 2 000 ans. Ils ont identifié des microorganismes anciens et observé que ces microbiotes ressemblaient davantage à ceux de populations contemporaines non industrialisées qu’à ceux des populations industrialisées :

Cette évolution intéresse particulièrement les scientifiques, car le microbiote joue un rôle dans de nombreuses fonctions de l’organisme. Des différences de composition microbienne sont notamment associées à certaines maladies métaboliques, inflammatoires, immunitaires et mentales. Il reste toutefois difficile de déterminer, pour chaque maladie, quelle part revient au microbiote, à l’alimentation, à l’environnement ou à d’autres facteurs.

L’alimentation constitue une piste d’action concrète pour favoriser la diversité de notre microbiote intestinal. Les fibres végétales servent de nourriture à de nombreuses bactéries intestinales, tandis que la variété des végétaux consommés leur apporte différentes ressources. Ces microorganismes produisent notamment des métabolites, comme les acides gras à chaîne courte, qui participent au maintien de la barrière intestinale.

Cette barrière joue un rôle essentiel : elle permet l’absorption des nutriments tout en contrôlant le passage des substances présentes dans l’intestin. Une alimentation variée et équilibrée contribue ainsi au bon fonctionnement du microbiote et pourrait favoriser le maintien de l’intégrité de cette barrière, dont l’altération peut être associée à certains phénomènes inflammatoires.

Autrefois, selon les régions et les saisons, les végétaux cultivés étaient complétés par des plantes sauvages comestibles : feuilles, herbes, baies ou racines, graines, fruits à coque. Cette diversité élargissait la palette des aliments consommés. Aujourd’hui, nous pouvons retrouver cet esprit en variant davantage les légumes, les légumineuses, les fruits et les herbes aromatiques, mais aussi en découvrant des aliments moins présents dans nos habitudes. Les algues comestibles, traditionnellement utilisées dans plusieurs cuisines asiatiques, offrent ainsi d’autres saveurs et une manière supplémentaire de diversifier nos apports.

Parmi les moyens de diversifier notre alimentation, les aliments fermentés occupent une place particulière. Présents dans de nombreuses traditions culinaires à travers le monde, ils permettent de transformer les aliments, d’en renouveler les saveurs et, selon les préparations, d’apporter des microorganismes vivants. Mais que nous apprennent réellement les recherches scientifiques sur leurs effets pour notre microbiote et notre santé ?

En 2021, une étude clinique menée par des chercheurs de l’université Stanford et publiée dans la revue Cell a montré qu’une alimentation riche en aliments fermentés, consommée pendant dix semaines, augmentait la diversité du microbiote intestinal chez les participants et diminuait certains marqueurs inflammatoires. Il s’agit d’un résultat encourageant, même si cette étude de taille limitée ne permet pas de conclure que tous les aliments fermentés produisent les mêmes effets, ni qu’ils préviennent ou guérissent des maladies : 

La fermentation permet aussi de modifier le goût et la texture des aliments et parfois leur digestibilité. Toutefois, elle n’augmente pas systématiquement sa teneur en vitamines ou en autres nutriments. Une revue scientifique a examiné : les effets des aliments fermentés sur les microorganismes consommés, les composés produits pendant la fermentation et les mécanismes possibles de leurs effets sur la santé.

Contrairement à ce que son nom pourrait laisser penser, la lactofermentation ne nécessite pas l’ajout de lait. Il s’agit d’un processus au cours duquel des bactéries lactiques transforment les sucres naturellement présents dans les aliments en acide lactique. Cette acidification contribue à la conservation des légumes et leur donne leur saveur caractéristique.

De nombreux végétaux peuvent être préparés de cette manière. Leur préparation est accessible, à condition de suivre une méthode éprouvée et de respecter les règles d’hygiène et de conservation. La lactofermentation peut ainsi limiter le recours à certains procédés industriels. Au cours de la fermentation, les bactéries produisent également différentes substances, notamment des composés aromatiques et, selon les espèces microbiennes et les conditions de préparation, certains métabolites susceptibles d’influencer les propriétés nutritionnelles du légume. La fermentation peut modifier la disponibilité de certains nutriments et réduire certains composés antinutritionnels, comme une partie des phytates dans certaines préparations :

L’intérêt de la lactofermentation réside donc dans cette double richesse : elle permet de consommer des végétaux sous une forme transformée, aux saveurs nouvelles, tout en conservant leurs fibres et en apportant, dans certains cas, des microorganismes vivants et des métabolites issus de la fermentation.

Pour éviter une confusion fréquente dans les articles consacrés au microbiote, il faut distinguer trois effets :

De la choucroute alsacienne aux légumes fermentés japonais, les traditions culinaires témoignent de la diversité des méthodes de fermentation.

Au Japon, les légumes fermentés occupent également une place importante dans la cuisine quotidienne. Le chou chinois fermenté, appelé hakusai-zuke, ainsi que les nukazuke, préparés avec des concombres, des aubergines, des carottes ou des radis dans un mélange de son de riz et de sel, illustrent la diversité de ces savoir-faire. Le miso, élaboré à partir de soja, et le natto, composé de graines de soja fermentées par des bactéries spécifiques, en sont d’autres exemples. Ces préparations ne reposent pas toutes sur la même activité microbienne, mais elles témoignent de la place ancienne de la fermentation dans l’alimentation humaine.

Le kimchi coréen, les légumes fermentés d’Europe centrale ou encore le nuoc-mâm vietnamien, obtenu par fermentation de poissons salés, illustrent d’autres façons de conserver les aliments et d’en transformer les saveurs et d’enrichir notre microbiote.

Redécouvrir ces préparations permet de renouer avec un patrimoine culinaire précieux. Pour autant, tous les aliments fermentés n’ont pas les mêmes propriétés, notamment en ce qui concerne l’apport de microorganismes vivants. Si vous voulez approfondir le sujet, « Le Tour du Monde de la Fermentation » de Sandor Ellix Katz vous fera voyager à la rencontre de ces méthodes de tous les pays.

Lorsque l’on parle de fermentation, on pense souvent à la choucroute ou aux légumes conservés en bocaux comme les cornichons. Pourtant, le yaourt est lui aussi le résultat d’une fermentation lactique, mais cette fois à partir du lait. Cette différence de matière première est essentielle : les légumes et le lait ne possèdent pas les mêmes nutriments, et leur fermentation ne produit donc pas les mêmes effets.

La fabrication traditionnelle du yaourt repose sur l’action de deux bactéries lactiques : Streptococcus thermophilus et Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus. Elles transforment une partie du lactose, le sucre naturellement présent dans le lait, en acide lactique. L’acidification provoque la coagulation des protéines du lait et donne au yaourt sa texture et son goût légèrement acidulé. Le yaourt contient généralement des bactéries issues de sa fermentation, à condition qu’il n’ait pas subi de traitement thermique après celle-ci. Ces microorganismes vivants peuvent exercer des effets pendant leur passage dans le système digestif, notamment en participant à la transformation des aliments et aux interactions entre microorganismes et organisme humain.

Cette transformation présente un premier intérêt nutritionnel : une partie du lactose a déjà été dégradée avant la consommation. Les cultures vivantes du yaourt facilitent également la digestion du lactose chez les personnes qui le digèrent difficilement, un effet reconnu scientifiquement pour les cultures spécifiques du yaourt. Le yaourt conserve par ailleurs des nutriments importants du lait, notamment des protéines, du calcium et de la vitamine B12. Il peut ainsi contribuer à la santé osseuse, au maintien de la masse musculaire et aux apports nutritionnels nécessaires au fonctionnement de l’organisme.

Les recherches sur les yaourts et les laits fermentés mettent en évidence des effets favorables possibles sur certains aspects de la santé digestive et métabolique. Toutefois, le yaourt ne garantit pas à lui seul une augmentation durable de la diversité du microbiote intestinal, et ses effets dépendent notamment des cultures utilisées, du produit consommé et de l’alimentation globale. On peut faire soi-même ses yaourts à la maison et les ferments s’achètent en pharmacie. On peut préparer ses yaourts à la maison avec du lait de vache ou de brebis et des ferments adaptés, disponibles notamment en pharmacie. Il existe également des préparations végétales fermentées à base de soja, d’amande, de riz ou d’avoine, dont la texture et les qualités nutritionnelles diffèrent de celles du yaourt laitier.

Le yaourt et les légumes lactofermentés ne remplissent donc pas exactement le même rôle. Le premier associe les qualités nutritionnelles du lait aux transformations produites par la fermentation ; les seconds permettent de diversifier les végétaux consommés, d’apporter des fibres et, selon leur préparation, des bactéries vivantes. L’intérêt est de les considérer comme des aliments complémentaires, au sein d’une alimentation variée, plutôt que de chercher un aliment miracle capable à lui seul de restaurer le microbiote.

La fermentation ne concerne pas uniquement les légumes et les produits laitiers. Depuis des millénaires, les hommes ont également appris à fermenter des boissons, pour conserver certaines matières premières, transformer leurs saveurs et créer de nouvelles préparations. Aujourd’hui, certaines de ces boissons traditionnelles retrouvent leur place dans une alimentation diversifiée.

Parmi les boissons fermentées, le kéfir d’eau mérite une attention particulière. Préparé grâce à une communauté de bactéries et de levures, il contient différents microorganismes et composés issus de la fermentation. Des travaux scientifiques suggèrent que certains de ces microorganismes et métabolites pourraient influencer le microbiote intestinal et interagir avec le système immunitaire. Les premières études humaines sont encourageantes, mais les effets sur l’immunité restent encore à préciser.

La bière sans alcool constitue une autre piste intéressante. Une étude clinique publiée en 2022 dans le Journal of Agricultural and Food Chemistry a suivi 22 hommes en bonne santé qui ont consommé pendant quatre semaines soit une bière à 0,0 % d’alcool, soit une bière alcoolisée. Les chercheurs ont observé une augmentation de la diversité du microbiote dans les deux groupes. Ils envisagent un rôle des polyphénols issus notamment du malt et du houblon, indépendamment de l’alcool. Toutefois, le faible nombre de participants ne permet pas de généraliser ces résultats ni de conclure que la bière sans alcool améliore à elle seule la santé intestinale.

Ces exemples montrent que l’intérêt des boissons fermentées ne se limite pas à la présence éventuelle de bactéries vivantes : les substances produites pendant la fermentation, ainsi que les composés naturellement présents dans les ingrédients, pourraient également participer aux interactions avec notre microbiote.

Pour autant, toutes les boissons fermentées ne se valent pas. Le kéfir d’eau non pasteurisé peut apporter des microorganismes vivants, tandis qu’une bière sans alcool peut surtout présenter un intérêt lié à sa composition, notamment ses polyphénols, même lorsqu’elle ne contient plus de microorganismes vivants. Il convient donc de distinguer leurs propriétés plutôt que de leur attribuer indistinctement des effets probiotiques.

L’objectif n’est pas de multiplier les boissons fermentées à tout prix, mais de découvrir celles qui s’intègrent à une alimentation variée, en privilégiant les préparations peu sucrées et, lorsque l’on souhaite éviter l’alcool, les produits dont la teneur est clairement indiquée.

Nous n’avons pas besoin de reproduire exactement l’alimentation de nos ancêtres pour prendre soin de notre microbiote. Les connaissances scientifiques actuelles nous invitent plutôt à retrouver certains principes simples : varier les aliments végétaux, consommer suffisamment de fibres, privilégier les produits peu ou pas transformés et découvrir différentes méthodes de préparation. Autre avantage : redonner une place à ces traditions dans notre vie moderne permet d’associer plaisir, simplicité, économies et attention portée à notre santé. Cette démarche offre des moyens concrets de faire évoluer nos habitudes alimentaires dans un sens favorable à notre santé, car les pathologies liées à la « mal bouffe » sont bien identifiées. On peut considérer qu’enrichir notre microbiote est une bonne prévention dans maladies inflammatoires.

Cette diversité alimentaire peut cependant favoriser certaines fonctions essentielles : la digestion des fibres, la production de métabolites utiles à l’intestin, le maintien de la barrière intestinale et les interactions avec notre système immunitaire et notre cerveau. Les recherches sur les aliments fermentés sont encourageantes, même si leurs effets varient selon les produits et les individus et qu’ils ne constituent ni un traitement ni une garantie contre les maladies.

La bonne nouvelle, c’est qu’il n’est pas nécessaire de bouleverser toute son alimentation pour commencer.

Prendre soin de son microbiote c’est l’opportunité d’élargir peu à peu la diversité de ce que nous mangeons, pour donner à notre microbiote davantage de ressources et favoriser, dans la durée, notre santé globale. Même ceux qui manquent d’idées en cuisine peuvent commencer par un seul changement, puis en ajouter d’autres lorsqu’ils le souhaitent.

Les recherches scientifiques éclairent également les liens entre alimentation, microbiote et cerveau. Des études humaines associent certaines caractéristiques du microbiote à la santé mentale, tandis que des interventions alimentaires montrent des effets sur les réponses cérébrales impliquées dans les choix alimentaires. Une raison supplémentaire de prendre soin de notre alimentation, un repas après l’autre.